Ein Backblech mit Backpapier belegen und mit etwas Öl einpinseln. Den Backofen auf 200°C Ober-/Unterhitze vorheizen. Die Enden von den Zucchinis gerade abscheiden, quer halbieren und mit einem feinen Klingeneinsatz (3mm) des Spiralschneiders zu Spaghetti schneiden, diese auf ein sauberes Küchentuch geben und überschüssige Feuchtigkeit behutsam ausdrücken. Die Zucchinispaghetti in eine große Schüssel füllen und den Knoblauch, den geriebenen Cheddar, die Kräutermischung, das Mandelmehl, die verquirlten Eier sowie das Salz zugeben und alles sorgfältig vermengen. Die Mischung in die Mitte des vorbereiteten Backblechs geben und zu einer 30 cm großen Runden Scheibe formen.
Im vorgeheizten Backofen 20 Minuten backen, bis die Kruste schön goldbraun ist. Ein zweites Backblech oben auf den Zucchiniboden legen und diesen vorsichtig auf das neue Backblech stürzen. Das Backpapier abziehen und den Zucchiniboden nochmals 5 Minuten in den Ofen schieben, bis er auch goldbraun ist. In der Zwischenzeit alle Zutaten für die Tomatensauce in einem kleinen Topf bei geringer Hitze und unter gelegentlichem Umrühren 5 Minuten köcheln und anschließend abkühlen lassen.
Die Tomatensauce auf dem Zucchiniboden verteilen, mit Mozzarella und Tomatenscheiben belegen und mit dem Pesto beträufeln. Die Pizza im Backofen 5-6 Minuten backen, bis der Käse zerlaufen ist. Die Basilikumblätter darauf verteilen und sofort servieren.